军事地理派说：北京太靠近北狄了，距边塞不足两百里，外无藩篱之固，内无战略纵深，一旦北狄入侵，破关而入，马放燕山，北京城下旦夕可至，置天子与如此险地，实在是太危险了。
还有些人担心都城北迁，到了赵王的地盘上，太子又要多一个竞争者，可这个理由不能明说，于是便随意加入一个反对派，冠冕堂皇地陈辞一番。
另外还有许多人出于个人、家族、故乡的利益，强烈反对迁都。因为江南文教发达，江南的士大夫也是最多的，所以江南籍的官员占了朝堂的绝大多数。京城迁走，无疑将触到他们个人、家族和故乡的利益，对此自然强烈反对。
不只是他们，包括当初追随洪武皇帝打江山的功臣勋戚们，同样大多出身江南，他们的家在这里，他们的根在这里，谁肯千里迢迢跑到北京去。再说，北京跟金陵一比，那繁华程度差了十万八千里，有好地方不呆，谁愿意到那穷山僻壤去定居。
民间的富绅、地主听到这消息也是强烈反对，当初朱元璋营建中都凤阳，强行迁徙了十万富户去凤阳，如果永乐皇帝迁都北京，少不得也要迁徙许多江南富户到北京去，难保其中不会包括他们。
他们家里要么有人在朝为官，要么与哪位朝中官员有深厚关系，这时八仙过海，各显其能，纷纷动用他们的人脉关系，在朝廷上发出了最强烈的反对。
还有那风水先生派，引用诸葛孔明的话说：“钟山龙盘，石头虎踞，上映紫微之垣，此帝王之宅。”大谈金陵风水如何的好，以此作为不应弃金陵而就北京的理由。
文渊阁大学士杨荣就是此中代表，不管他反对迁都的本意是什么，他给皇上的奏疏却是黑纸白字地写着：“天下山川，形势雄伟壮丽，格局宽阔，九星齐拱，万斗相映而成辉，可以为京都者，莫逾金陵。”
风水派这一反对，却引起了风水派内部的反对意见，他们对风水、易理，都有很深厚的研究，而且不大关心政治。他们不在乎皇上迁不迁都，也不理会别人为什么反对迁都，既然有人提到了风水，他们自然要发表发表自己的看法。
他们认为，“山管人丁水管财”。“山”代表背后，主宰健康和人丁兴旺，自然也包括国运，宜雄健浑厚，最忌背空；“水”代表前方，主宰事业和财富，向水宜宽广低平，最忌紧小。
从金陵风水来看，南京城坐北向南，以北为靠。
北面是什么山呢？鸡笼山，说是山，不过就是一个二十来丈高的小土丘。鸡笼山后面就是玄武湖，再向北去是红山，红山跟鸡笼山差不多高，也是个小土丘。红山再向北，就是幕府山，最高也就五十来丈，接着便是扬子江了。
看吧，鸡笼山是小土丘，红山是小土丘，幕府山稍高一点，幕府山头却又呈形体不正、略有偏斜的贪狼星状，对此靠山极为不利。金陵背后就这么三座靠山，零碎无力，如何支撑这么大的城邑？
还有，全部靠山都背靠扬子江，没有接通大型山脉，得不到龙脉的支持。
更要命的是，风水之气“乘风而散，遇水而界”，比全部靠山占地面积还大的玄武湖，把金陵的山脉龙气阻挡得一干二净，结果金陵连那一点点靠山的地气都被消磨掉了，形成了一个彻底背空的风水形煞。
因此，只要天下生乱，太岁行至犯煞的玄武湖，必尸横遍野，秦淮尽成血河。
虽然他们只是就风水论风水，并不是想要赞成永乐皇帝迁都，不过这是朱棣派来的那个太监所能听到的唯一一个算是赞成迁都的声音，自然视若瑰宝，忙把这些说法全都记下来，转呈北京。
这些精通风水的人一说金陵不好，坚决反对迁都的人马上找了更多的风水大师进行驳斥，双方争来争去，从理论上争不出高下，便开始举例子。认为金陵风水不好的，举出了从古到今，但凡立都金陵之国，无一国运长久的例子。
他们还说，当初刘伯温也只是迎奉圣意，不得不定都金陵，其实他也知道金陵风水不好，因此才费尽心思地把皇宫建到金陵东侧，旁倚钟山以迁就风水。没像历朝历代所有定都金陵的王朝一样把皇宫建在金陵城中央，但钟山也不雄厚，如今已保了大明四十多年国泰民安，地气将尽，亦难持久。
反对派就不屑一顾，说多智近妖的诸葛孔明都大赞金陵风水，难道你比孔明还要高明？当然没有人敢自认比诸葛孔明更加高明，这一下反对派似乎就占了上风，可是刚刚修完《永乐大典》，还没来得及离开金陵的一些学士、老儒们听了这话却又提出了不同看法。
他们说，孔明赞美金陵风水是什么时候？是孔明联吴抗曹去见孙权的时候，孔明保的是刘皇叔，如果金陵真是帝王之宅，他对东吴的人这么讲，促使孙权移都金陵，难道是要帮助孙权一统天下吗？东吴国运只五十二年，足见这只是诸葛亮的一计！
这些人的说法又引出了考古派，与他们展开了一场学术辩论，即：精通风水术的诸葛亮对吴人说金陵乃帝王之宅，是否是看出了金陵非国运长久的风水宝地，才故意给孙权下套，利用风水学说达到政治目的一计，双方引经据典，一番雄辩。
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