守城的清军是正绿旗的一个甲喇（下辖四个牛录），是尚可喜的队伍，他们本来分散在济宁州、滋阳县、鱼台县、嘉祥县一带屯田。在明军北六镇开始大举备战的时候，他们就知道不对了，也开始放弃滋阳县、鱼台县、嘉祥县等地的据点，缩进了甲喇章京衙门所在的济宁州，并且尽了最大的努力囤积粮草物资，修补城墙。还在曲阜练军出动后，将家眷送去了清军山东省内最紧要的据点聊城——聊城是清朝的山东巡抚衙门的所在，同时也是定南王孔有德的王府所在地，还是正绿旗左翼固山额真衙门的所在。
在送出了家眷之后，济宁州城内的正绿旗兵丁也只能死守了。
不过在黄得功、史可法两军两万四五千人的猛攻下，济宁州城内不足两千（四个正绿旗牛录满编是两千，不过有一部分人护送家眷去了聊城）的正绿旗守军根本抵挡不住——正绿旗就是绿营的底子，战斗力比老八旗差了一大截，而且济宁州城又进行过“防炮改造”，削低了城墙，还有沙袋堆出了一个斜面。倒是能扛住红夷大炮，但是却不利于抵挡人海攻势。如果正绿旗兵丁配属了大量鸟铳、斑鸠脚铳和火炮，倒也能弥补城墙易于攀爬的缺陷。
可是守济宁州的正绿旗偏偏没有多少火铳、火炮，结果在喊着“孔夫子保佑......刀枪不入”口号的曲阜铁人兵的扑击下，济宁州守了五天就被打破，城内的一千多正绿旗兵丁都成了大清忠烈！
就在济宁大捷的消息和一千多颗“鞑子头”被人送到淮安的几日后，祖可法就带着多尔衮的“求饶信”到了。
在信中，多尔衮除了答应发罪己诏认错，还提出以黄河中游及徐州北部州界，加上兖州府境内的泗水河，以及兖州府和青州府的府界，再加上海州和青州府的边界，一起构成北清南明的分界线。
同时，多尔衮还在求饶信中提出以清军撤出陕甘交换明军撤出吕梁山。也就是说，多尔衮会任由陕甘的吴三桂倒向大明！
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