其中有备倭总经略宋应昌，以兵部右侍郎衔挂“经略蓟辽山东保定等处防海御倭军务”，位同总督，是此次入朝作战的主帅。
以宁夏总兵官、平虏伯萧如薰为“提督蓟辽保定山东等处防海御倭总兵官”，为此次东征朝鲜之主将，萧如薰还趁机召集了自己在宁夏的一批旧部，赵虎、王辉和陈燮三人榜上有名。
以兵部员外郎刘黄裳与兵部职方主事袁黄为军中赞画，辅佐主帅宋应昌。
以宁夏火器营五千、宣大弓弩手一万、山东枪兵一万、浙兵炮手五千、浙兵刀盾手一万共计四万余兵马组成东征朝鲜之军，各自限定日期于边境镇江堡集结待命，着工部发军械、鸟铳、火药于辽东镇江堡备用——朱翊钧点名兵部工部尚书亲自督造鸟铳，若前线传回鸟铳不可用、炸膛的消息，首先问责尚书！
另有五军三营参将刘綎上书以四川兵五千请战，皇帝赞许之，有山西总兵李如松以辽东骑兵五千请战，皇帝以为不可，令辽东所部兵马严守驻地，以防蒙古各部趁辽东空虚偷袭辽东，另下令征召建州卫女真部首领佟奴儿哈赤以辽东副总兵之职集结女真骑兵五千备战待命，大胜之后许其龙虎将军职衔。
李如松闻讯大惊，再三上书泣血请战，请为平壤一千忠魂复仇雪恨，帝许其忠勇，遂允李如松以总兵之职领佟奴儿哈赤所部骑兵五千入朝配合作战。
诏书下达朝鲜，朝鲜大惊，忙遣使者请求大明不可使女真骑兵入境作战，为帝所拒，帝深责之，朝鲜王臣惴惴不敢言。
大明天军再次入朝，遂不可逆转。
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