叶尔羌汗廷内乱不止，反倒是东部的阿都剌因趁这机会安心发展，他加强与明朝的友好往来，使的西部如水火，东部却欣欣向荣，在位四十年，使的东部实力大增。
崇祯八年，阿都剌因去世，其长子阿不都拉哈汗继位，利用其父四十年积聚，率兵西征，攻克阿克苏，再占领了叶尔羌等重镇，重新统一汗国，然后还北上打败了瓦剌人的进攻，并向西部发兵远征并大获全胜，摆脱了长期受吉利吉斯人控制的局面。
他在位期间，利用苏菲派渗透影响大明的河西走廊，发展贸易同时，保证东边安稳，然后全力与卫拉特蒙古等斗争，甚至数次西征安延集等。
在位十五年，叶尔羌有中兴之势。
不过虽然表面一统汗国，但汗国不仅是王族内斗严重，而且早就陷入了严重的教派斗争中。
早在阿布都里木汗时期，苏菲派开始进入叶尔羌，阿布都里木汗之子马黑麻汗继位后，黑山派和卓受到汗王大力支持，在叶尔羌迅速发展，随后，白山派也进入叶尔羌。
两派矛盾尖锐，甚至发生血腥厮杀。
白山派与黑山派本是同族、同宗、同教，只是由于所属派的不同、观点的差异，长期处于对立状态。两派由争夺教权开始逐渐转变为政治斗争，白山派与黑山派的创立者都是来自中亚的纳合西班底耶教团的教*玛合图木·阿杂木和卓的后代。
随着和卓势力的崛起，两派在叶尔羌汗国内发挥着重要作用，并在世俗统治者地支持与扶植下，不断发展壮大，逐渐成为一股影响汗国政局的强大政治势力。
玛合图木·阿杂木及其和卓家族的兴起，对叶尔羌汗国政治格局产生了很大的影响。随着两派斗争的不断加剧，叶尔羌汗国的政教关系也变得更复杂。
起初，叶尔羌汗国需要利用*教的特殊作用，维护和巩固自己的统治地位。随着势力的增强，汗廷逐渐被伊势力左右。
在叶尔羌汗国建立之前的很长一段时间里，伊教在天山的控制权都集中在额什丁和卓家族的手中。其家族由于劝导秃黑鲁·帖木儿汗皈依有功，一直操纵着汗国内的各种教事务，额什丁家族势力得到较快发展。
叶尔羌伊教制度就是导师制，汗廷用这种制度和伊上层建立起彼此联系，有声望的导师往往又是伊教首领，不仅能吸引众多教众，而且在世俗统治者中也有极大的影响力。
说到底，就是叶尔羌汗国统治者与伊上层的各取所需。
叶尔羌实行瓦合甫土地制度，也为和卓势力的兴趣奠定了物质基础，发展到后期，大量的土地和财富都集中到了伊与和卓手里。
他们有声望有地位还有财富，可以说已经为推翻取代叶尔羌汗王的统治奠定了基础，有能力建立起正叫合一的国家。
叶尔羌严重的内讧动荡，本就是这些和卓们把持朝政、操纵世俗正权导致的，时局越动荡，又反过来为他们夺权谋利提供更大便利，于是乎恶性循环。
到现在，叶尔羌境内的大小和卓们，已经可以说是凌驾在汗王之上的中叫封建主兼世俗封建主，他们的目标明显有几分想学喇萨那些喇嘛们，想建立家族、政教合一的和卓正全。
现在叶尔羌汗国里，虽然是来自东部的总督统一了汗国，但和卓们的势力已经极为强大，神王合一的诸侯领主。
阿不都拉哈汗虽然统一了汗国，把西部嫡系那些族人干翻征服，但和卓们却没受什么影响。
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